Hội chứng ruột kích thích (Irritable Bowel Symdrom- IBS) và bệnh viêm ruột được chia làm 2 bệnh chính: bệnh Crohn và bệnh viêm đại tràng mạn tính (Inflammatory Bowel Disease- IBD).

Hai nhóm bệnh này có các triệu chứng khá tương đồng như:đau bụng, nôn, thay đổi số lần đi đại tiện… và chúng rất dễ nhầm lẫn trong lâm sàng cũng như trong điều trị.
Hội chứng ruột kích thích (IBS) hay còn gọi bằng các cái tên khác như: viêm đại tràng co thắt, rối loạn tiêu hóa chức năng, bệnh tiêu chảy do thần kinh… những rối loạn về tiêu hóa do IBS gây nên không do một nguyên nhân do tổn thương thực thể gây nên mà thường do các nguyên nhân do tâm lý, chế độ ăn, thuốc…Triệu chứng của IBS như: đau bụng (thường là đau nửa dưới của bụng), chướng hơi, tiêu chảy hay táo bón hoặc xen lẫn cả hai… Nhưng IBS không bao giờ đi ngoài phân đen và đi ngoài ra máu.
Ở những bệnh nhân IBS, khi nội soi không thấy có dấu hiệu tổn thương trong lòng đại tràng, bề mặt niêm mạc ruột hoàn toàn trơn láng, không có lở loét. Đồng thời, khi xét nghiệm mẫu phân cũng không thấy sự xuất hiện của vi khuẩn gây bệnh.
Viêm ruột (IBD) là tình trạng viêm nhiễm hệ thống ống tiêu hóa mạn tính.gồm 2 bệnh chính: bệnh Crohn và bệnh viêm đại tràng mạn tính.
Bệnh Crohn là bệnh mạn tính ở ruột gây viêm và loét. Nó có thể xảy ra bất kỳ ở vị trí nào của ruột non, dạ dày, thực quản, mà đa số xuất phát từ hồi tràng( đoạn cuối của ruột non). Bệnh Crohn ảnh hưởng đến toàn bộ chiều dày của ống tiêu hóa, điều này giải thích tại sao bệnh được phát hiện khi ống tiêu hóa bị thủng hoặc gây nên áp xe.
Triệu chứng của bệnh Crohn phụ thuộc rất nhiều vào vị trí bị viêm của đường ống tiêu hóa. Nhưng nhìn chung nó thường biểu hiện: tiêu chảy mạn tính, đau bụng âm ỉ, gầy sút cân, sốt, có thể sờ thấy u cục( thường ở phía bên phải ổ bụng).
Viêm loét đại tràng mạn tính là bệnh lý của đại tràng mà không có liên quan gì tới ruột non, dạ dày, hay thực quản. Nó chỉ ảnh hưởng đến phần niêm mạc của đại tràng có thể liên tục hoặc gián đoạn.
Triệu chứng chính của viêm loét đại tràng mạn tính là: tiêu chảy, sau đó đi ngoài lẫn máu. Ở các trường hợp nặng hơn thì có sốt, đau bụng,đi ngoài ra máu số lượng nhiều.
Để phân biệt IBD và IBS thì lâm sàng quan tâm tới tiền sử liên quan đến những rối loạn tiêu hóa của bạn, những triệu chứng mang tính chất do tổn thương thực thể như: sốt, đi ngoài ra máu, đi ngoài phân đen.
Và quan trọng nhất là xét nghiệm cận lâm sàng để có những bằng chứng về tổn thương thực thể của đường ống tiêu hóa như: nội soi, nội soi sinh thiết, xét nghiệm phân, CT. Trong một số trường hợp các bác sĩ sử dụng liệu pháp kháng sinh để phân biệt IBS và IBD. Trên hết tiêu chuẩn vàng để chẩn đoán bệnh viêm ruột là giải phẫu bệnh đánh giá tình trạng viêm được phân loại: nhẹ, trung bình hay nặng dựa vào sự xâm nhập của tế bào viêm.